Während der Sommer auf seinem Höhepunkt ist, wollen wir zurückblicken und über zwei Veranstaltungen zu Beginn dieses Sommers berichten – den NFDI4Chem-Metadatathon in Halle und das Metadata4Chem-Online-Treffen einen Tag später zur Zusammenarbeit mit der Initiative Physical Sciences Data Infrastructure (PSDI).
NFDI4Chem Metadatathon
Ziel des NFDI4Chem Metadatathons war es , die Harmonisierung von Metadatenprofilen, Metadatenschemata und Ontologien zu entwickeln und voranzutreiben. Der Tag begann mit einer Sitzung , die von Steffen Neumann und Oliver Koepler geleitet wurde, die übergreifende Konzepte in Bezug auf Schemata für Datensätze, Projekte und Beispiele vorstellten. Wichtige Rahmenwerke wie ISA-Tab, schema.org, DCAT/DCAT-AP, und die Grundlage für Chemie-Metadatenschemata – Minimum Information about Chemical Investigations (MIChI) -Profile – wurden diskutiert, mit besonderem Schwerpunkt auf ihrer Bedeutung für die laufenden NFDI4Chem-Initiativen.
Die Diskussionen am Nachmittag konzentrierten sich auf die Bemühungen zur Datenharmonisierung, insbesondere in Bezug auf Chemotion und andere Repositorien wie nmrXiv und Datenbanken wie MassBank EU. Oliver Koepler, Steffen Neumann und Philip Strömert präsentierten den Bedarf an einem robusten, Technologie-agnostischen Schema , das auf verschiedene Repositories angewendet werden kann , und die Wichtigkeit, ein gemeinsames Chemie-Kernschema (CCC) mit zusätzlichen Schichten zu erstellen , das die subdisziplin-spezifischen Anforderungen an chemische Metadaten erfüllt.
Ein wichtiger Teil der Diskussion drehte sich um die Granularität der Metadaten, die Rolle der Provenienz, und die Herausforderungen , die sich aus den unterschiedlichen Rollen und Verantwortlichkeiten innerhalb der Datensätze ergeben, insbesondere im Zusammenhang mit elektronischen Labornotizbüchern (ELNs) wie Chemotion ELN und dem damit verbundenen Chemotion Repository. Die Gruppe diskutierte intensiv über die Komplexität der Darstellung chemischer Stoffe und chemischer Einheiten als ein Beispiel aus dem CCC, in der Erkenntnis, dass ein flexibler und dennoch standardisierter Ansatz erforderlich ist , der verschiedene Arten von chemischen Daten berücksichtigt.
Die Sitzung endete mit Aktionspunkten , die sich auf die Verfeinerung des Chemotion-Datenmodells konzentrierten, Identifizierung gemeinsamer Konzepte für verschiedene Datensätze, und die Förderung der MIChI-Diskussionen über die Stichprobe, Prozessbeschreibungen und weitere Analysemethoden. Diese Bemühungen ebnen den Weg für mehr integrierte und interoperable Metadaten-Rahmenwerke , die von NFDI4Chem für unsere Gemeinschaft entwickelt werden.
Metadata4Chem
Am folgenden Tag, trafen sich NFDI4Chem und PSDI aus dem Vereinigten Königreich , um mögliche Kooperationen auszuloten, Dabei ging es insbesondere um Metadaten und semantische Annotation im Bereich der Chemie. Das Treffen begann mit einer kurzen Einführung durch alle Teilnehmer, gefolgt von einer aufschlussreichen Präsentation von Steffen und Oliver, die einen Überblick über die NFDI4Chem-Initiativen im Bereich der Metadaten gaben, und einen Überblick über die Landschaft der Chemie-Ontologien gab.
Aileen Day von PSDI gab einen Überblick über die Plattform von PSDI, die Ressourcen wie Daten, Dienste, Werkzeuge und Schulungsmaterial integriert. Diese Plattform verwendet SKOS-Terminologien in JSON-LD , um sicherzustellen, dass die Metadaten einheitlich auf alle Ressourcen angewendet werden.
Die Sitzung umfasste auch einen Überblick von Samantha Pearman-Kanza über die laufenden Arbeiten von MADICES im Bereich Metadaten und semantische Annotation. Die wichtigsten Diskussionspunkte betrafen die Konzentration auf JSON-LD, Werkzeuge wie LinkML, und die laufenden Arbeiten innerhalb der NFDI4Chem-Gemeinschaft und benachbarter Konsortien wie NFDI4Cat , einschließlich der voc4cat-Pipeline und der automatischen Metadatenextraktion.
Das Treffen endete mit einer produktiven Diskussion über zukünftige Möglichkeiten der Zusammenarbeit zwischen NFDI4Chem und PSDI. Zu den Bereichen , die von Interesse waren, gehörten übergreifende Suchfunktionen, eine harmonisierte Indexierung zwischen den Repositories, und die Bildung gemeinsamer Teams mit ähnlichem Fachwissen. Beide Seiten bekundeten ihr Interesse an der Fortsetzung des Dialogs und der Erkundung gemeinsamer Workshops, Aktivitäten und möglicherweise die gemeinsame Abfassung von Unterstützungsschreiben für laufende und künftige Projekte.
