Der erste Ontologies4Chem Workshop, der von NFDI4Chem organisiert wurde, fand am 7. und 8. September 2022 statt. Über 50 internationale Teilnehmer*innen folgten der Einladung zu der Online-Veranstaltung. Das übergeordnete Ziel des Workshops war es, Expert*innen aus verschiedenen Ontologieprojekten mit Fachgebiets-/Ontologieexperten, Softwareentwickler*innen und Dienstleistern von NFDI4Chem und anderen NFDI-Konsortien im Bereich der Chemie zusammenzubringen.
Schwerpunkt auf Berichte und Diskussionen
Der erste Punkt war eine kurze Einführung in NFDI4Chem und unsere bisherige Arbeit zur Identifizierung von Ontologien, die für den NFDI4Chem-Kontext relevant sind. Danach lag der Schwerpunkt des ersten Tages des Workshops auf Berichten und Diskussionen über den aktuellen Stand und die Zukunftspläne der meisten relevanten Chemie-Ontologien (CHEMINF, Chebi, ChIRO, EDAM, CHEMROF, OBI, SIO, CHMO, RXNO, MOP), die von deren Kurator*innen vorgestellt wurden. Das IUPAC Gold Book als Definitionsquelle ergänzte die Darstellung der Ontologien. Als zusätzliche Perspektive stellten NFDI4Cat und NFDI4Health ihre Pläne und die Anwendung von Ontologien vor.
Der erste Tag endete mit einem Update zu Tools wie ROBOT, NFDI4Chem Terminology Service und ODK, die für die Entwicklung und Arbeit mit Ontologien verwendet werden. Der zweite Tag des Workshops diente dem Erfahrungsaustausch und der Erörterung bewährter Verfahren bei der Entwicklung und Pflege von Ontologien sowie der Annotation von Daten mithilfe von Ontologien. Sie begann mit der bisherigen Arbeit von NFDI4Chem im Bereich der Raman- und NMR-Spektroskopie und den künftigen Entwicklungen des Terminologiedienstes. Es folgten Ontologieentwicklungs-Workflows in NFDI4Cat, die Erweiterung von Bioschemas.org auf die Chemie, das IUPAC FairSpec-Projekt, die Anwendung von Ontologien in Pubchem und das ClassyFire-Framework. Der Tag endete mit zwei parallelen Breakout-Sitzungen, die der Vertiefung von Diskussionen und praktischen Demonstrationen zu Datenannotationen und Ontologiekuration dienten.
Die nächsten Schritte
Das wichtigste Ergebnis des Workshops war die breite Zustimmung zu einer engeren Zusammenarbeit mit den beteiligten Communities. Ziel ist es, die Qualität bestehender chemischer Ontologien zu verbessern und mehr Expert*innen auf diesem Gebiet einzubeziehen. Eine Mailingliste und ein spezieller Chemiekanal im OBO Slack wurden eingerichtet, um in Kontakt zu bleiben und die nächsten Schritte zu planen.
Im Jahr 2023 wird es einen zweiten Ontologies4Chem Workshop geben!
Weitere Links:
Die Folien der Präsentationen sind in der Tagesordnung des Workshops und in den gemeinsamen Notizen zu finden.
Die Aufzeichnungen der Präsentationen sind auf dem NFDI4Chem YouTube-Kanal verfügbar.
