Ein großer Fortschritt für die digitale Chemieforschung
Veröffentlicht am 23. Februar 2025 | Chemotion ELN-Team
Das Chemotion ELN-Team hat die Version 3.0.0 veröffentlicht, die wesentliche Aktualisierungen des elektronischen Laborjournals enthält, wie beispielsweise den Wechsel von Ketcher-Rails zu Ketcher als Zeichenwerkzeug. Die Version 3.0.0 integriert außerdem die neueste Version von LabIMotion 2.1.0, bietet eine neu gestaltete Benutzeroberfläche, leistungsstarke neue Probentypen und eine erweiterte Unterstützung für Analysedaten – und sorgt so für bedeutende Verbesserungen im täglichen Forschungsablauf.
Struktur-Editor: Ketcher ersetzt Ketcherails
Die bedeutendste architektonische Änderung in Version 3.0.0 ist der Ersatz des alten Ketcherails-Editors durch Ketcher, das auf dem Indigo-Cheminformatik-Toolkit für serverseitiges Rendering basiert. Ketcher bietet eine breitere Strukturunterstützung, einschließlich Festphasen- und Oberflächenchemie – Forscher*innen, die mit Polymerperlen, oberflächengebundenen Spezies und Festphasensynthese arbeiten, können diese Systeme nun nativ innerhalb des ELN zeichnen und bearbeiten. Das SVG-Rendering wurde durch einen neuen Service-Wrapper mit prioritätsbasiertem Fallback zentralisiert, wodurch die Zuverlässigkeit und Konsistenz der chemischen Strukturdarstellungen in der gesamten Anwendung verbessert wurde.
Neue Probentypen: Gemische und Makromoleküle
Zwei seit langem gewünschte Probenkategorien sind nun verfügbar. Mit Mischproben können Forscher*innen Mehrkomponentenproben mit der richtigen Konzentration und Volumenhandhabung definieren und verfolgen – einschließlich der Integration in Reaktionsschemata und der Berichterstellung. Sequenzbasierte Makromoleküle wurden ebenfalls als eigenständiger Probentyp eingeführt, wodurch zunächst die strukturierte Dokumentation von Proteinen (und Enzymen) ermöglicht wird, die langfristig durch andere Biopolymere ergänzt werden soll. Beide Typen werden vom History Tracker erfasst, der einen vollständigen Prüfpfad der Änderungen aufzeichnet.
Überarbeitetes Reaktionsschema
Die Registerkarte „Reaktionsschema“ wurde komplett neu gestaltet. Das neue Layout ist responsiv und passt sich an verschiedene Bildschirmgrößen an. Die überarbeitete Tabellen- und Seitenleistenstruktur erleichtert die Verwaltung komplexer Reaktionen mit mehreren Komponenten. Neben molaren und massenbezogenen Mengenangaben steht nun auch der Gewichtsanteil als Mengeneinheit zur Verfügung. Mischungskomponenten sind vollständig in das Reaktionsschema integriert und werden in den generierten Berichten angezeigt.
Reaktionsvariationen: Mehr Daten, bessere Nachverfolgung
Die Tabelle mit den Reaktionsvarianten wurde erheblich erweitert. Pro Material können nun mehrere Mengen angezeigt werden, generische Segmentdaten aus LabIMotion können als zusätzliche Spalten eingefügt werden, und Materialien werden zur besseren Übersichtlichkeit mit einer Kurzbeschriftung gekennzeichnet. Der Verlaufstracker zeichnet nun Änderungen an Reaktionsvarianten auf und bietet Forschungsgruppen so eine zuverlässige Aufzeichnung der Entwicklung der Versuchsbedingungen im Laufe der Zeit.
Massenanalyse-Upload und verbesserte Datenverwaltung
Forscher*innen können nun mehrere Dateien und ganze Ordner in einem einzigen Vorgang hochladen, um mehrere Analysen gleichzeitig zu erstellen, wodurch der manuelle Aufwand für das Anhängen von Analysedaten drastisch reduziert wird. Der Workflow zum Speichern von Datensätzen wurde verbessert, und die Registerkarte „Analysen“ bietet nun klarere Hinweise und eine dynamische Sichtbarkeit von Kommentaren, um Benutzer*innen durch den Dokumentationsprozess zu führen.
Spektraldaten: Multispektren und bessere NMR-Verarbeitung
Chemotion ELN 3.0.0 ermöglicht die gleichzeitige Anzeige mehrerer Spektren für HPLC-UV-Vis-, NMR- und UV-Analysen. Die Übertragung von NMRium-Dateien wurde hinsichtlich der Leistung optimiert, und verarbeitete Peaks werden nun beim Laden automatisch bevorzugt. Unicode-Einheitenbezeichnungen werden in Spektralansichten korrekt dargestellt, und einzelne Spektren werden automatisch ausgewählt, wenn nur ein Spektrum vorhanden ist.
Sicherheitsdatenblätter in der Registerkarte „Chemikalien“
Sicherheitsdatenblätter (SDS) können nun direkt auf der Registerkarte „Chemikalien“ als Anhang hochgeladen werden, sodass die Gefahrenhinweise zusammen mit dem entsprechenden Chemikalieneintrag gespeichert werden.
Verbesserungen beim Import und Export von Proben
Der Import-Workflow für Proben wurde in mehreren Punkten gezielt verbessert: Die Zuordnung von Kopfzeilen und die Datenvalidierung sind nun robuster, SMILES-Zeichenfolgen werden beim Import von Sammlungen als Fallback unterstützt, wenn Molfiles fehlen oder ungültig sind, und Excel-Dateien mit mehreren Blättern können direkt importiert werden. Zusätzliche Probeneigenschaften – einschließlich Inventaretiketten – können nun exportiert und wieder importiert werden, was die Datenmigration und die institutionelle Bestandsverwaltung unterstützt.
Gefäßmanagement
Es wurde ein neues Gefäß- und Gefäßvorlagensystem implementiert, das sowohl API als auch UI abdeckt und die strukturierte Dokumentation von Laborgefäßen als Teil der Versuchsaufzeichnungen ermöglicht.
Gerätebeschreibungen: Erweiterte Ontologieunterstützung
Gerätebeschreibungseinträge unterstützen nun zusätzliche Felder, eine überarbeitete Ontologielogik und eine verbesserte Gruppierung nach Ontologieklassen, was zu einer maschinenlesbareren und FAIR-konformen Gerätedokumentation beiträgt.
Verlagerung der Anwendungsheader-Funktionen
Die Navigationsstruktur wurde neu organisiert, um die Funktionen leichter auffindbar zu machen und besser an den Kontext anzupassen, in dem sie verwendet werden. Aktionen, die zuvor in der Kopfzeile gruppiert waren, wurden auf die gesamte Benutzeroberfläche verteilt. An vielen Stellen wurden Schaltflächen, die nur aus Symbolen bestanden, durch beschriftete Schaltflächen ersetzt, um die Übersichtlichkeit und Auffindbarkeit zu verbessern.
- Erstellungsfunktionen sind jetzt über eine schwebende Aktionsschaltfläche (FAB) in der unteren rechten Ecke verfügbar.
- Aktionen, die für die aktuelle Auswahl in der Spalte „Elemente“ gelten, befinden sich nun direkt darüber und sind mit Generieren, Exportieren, Teilen, Übertragen, Entfernen, Freigeben und Referenzen beschriftet.
- Die Sucheingabe wurde ebenfalls in die Spalte „Elemente“ verschoben. Das Modal für konfigurierbare Suchen wird über die Schaltfläche Erweitert geöffnet.
- Funktionen, die für eine gesamte Sammlung gelten (z. B. Referenzbericht und Beispiele in Sammlung importieren), können nun im Sammlungsmenü über das Drei-Punkte-Menü aufgerufen werden, das angezeigt wird, wenn Sie mit der Maus über eine Sammlung fahren.
- Das Layout der Seitenleiste wurde angepasst, wobei Sammlungen verwalten nach oben verschoben und das Anwendungslogo unten positioniert wurde.
- Die Benachrichtigungsschaltflächen wurden in die Kopfzeile verschoben.
Verbesserungen der Benutzeroberfläche und Benutzerfreundlichkeit
Die Navigationsstruktur wurde in der gesamten Anwendung neu gestaltet. Die Registerkarten und Kopfzeilen der Detailansicht sind jetzt fixiert, was die Orientierung bei der Arbeit mit langen Einträgen verbessert. Der Rich-Text-Editor Quill wurde auf Version 2 aktualisiert und es wurden Tastaturkürzel für die Formatierung von Tief- und Hochstellungen hinzugefügt – nützlich für chemische Notationen in Textfeldern. Drag-and-Drop für Analysen priorisiert nun korrekt die Touch-Eingabe auf Hybrid- und Mobilgeräten. Die erweiterten Suchergebnisse wurden für Nicht-Probenelementtypen verfeinert.
LabIMotion 2.1.0: Strukturierte und generische Datenverwaltung
LabIMotion 2.1.0, enthalten in ELN 3.0, verbessert die wissenschaftliche Datenverarbeitung, indem es Datensätze strukturierter und aussagekräftiger macht. Die neue Version bietet Tabellen-Datenexport, intelligente Benennung von Ebenen, strukturelle Gruppierung und anklickbare Links in schreibgeschützten Textfeldern, wodurch die Benutzerfreundlichkeit und Navigation verbessert werden. Generische Datensatzquellenreferenzen erfassen und speichern automatisch die Herkunft von Datensätzen und unterstützen so Transparenz und Rückverfolgbarkeit. Weitere Verbesserungen umfassen Elementzuordnungen in generischen Datensätzen, Probenzuordnungen in generischen Segmenten, erweiterte Einheitenunterstützung und die Möglichkeit für Benutzer*innen , wiederverwendbare Strukturen direkt in den Template Hub einzubringen, und vieles mehr. Zusammen bieten diese Funktionen einen flexiblen, multidisziplinären Rahmen für die Verwaltung und Organisation von Daten in verschiedenen Forschungsabläufen.
Chemotion ELN 3.0.0 ist ab sofort über GitHub verfügbar. Anweisungen zur Installation und Aktualisierung finden Sie in der offiziellen Dokumentation. Fragen und Feedback können über den Chemotion-Helpdesk oder die NFDI4Chem-Supportkanäle gerichtet werden.
