We are excited to announce the release of Cheminformatics Microservice 3.1.0, featuring a new web application interface that makes cheminformatics tools accessible to everyone – no coding required!
This release represents a significant step forward in making cheminformatics tools more accessible to the broader scientific community, furthering the mission of open science and collaborative research in chemistry and related fields.
Von Tools zu Benutzern
Cheminformatics Microservice hat sich als umfassende Open-Source-Lösung etabliert, die über eine standardisierte REST-API einen einheitlichen Zugang zu mehreren Cheminformatik-Toolkits (RDKit, Chemistry Development Kit und OpenBabel) bietet. Mit dieser neuen Version haben wir die Zugänglichkeit erheblich verbessert, indem wir eine benutzerfreundliche Webschnittstelle eingeführt haben, auffindbar unter app.naturalproducts.net.
Die Plattform eliminiert den Aufwand für die Installation und Wartung komplexer Chemoinformatik-Tools, eine ideale Lösung für Forschende, Pädagog*innen, Student*innen, und Fachleute aus der Industrie , die schnellen Zugriff auf chemische Analysefunktionen benötigen.
Wir laden Sie ein , die Plattform zu erkunden und zu erfahren wie sie Ihre cheminformatischen Arbeitsabläufe verbessern kann!
Neue Webanwendung
Die neu eingeführte Webanwendung ist unter app.naturalproducts.net und verändert die Art und Weise, wie die Benutzer mit den Tools der Chemieinformatik interagieren , durch eine intuitive, moderne Schnittstelle. Die wichtigsten Funktionen umfassen:
- Interaktive chemische Visualisierung: Betrachten Sie Molekülstrukturen sowohl in 2D als auch in 3D mit anpassbaren Rendering-Optionen
- Schnittstelle zum Zeichnen vonStrukturen: Erstellen und Bearbeiten von Molekülen mit dem integrierten Ketcher-Editor
- PubChem-Integration: Direktes Abrufen von Verbindungen nach Name, SMILES, InChI, CAS-Nummer oder Formel
- Strukturgenerierung: Generierung chemischer Strukturen auf der Grundlage von Molekularformeln
- Image-to-Structure: Extrahieren chemischer Strukturen aus Bildern mit DECIMER (optische chemische Strukturerkennung )
- Umfassende Eigenschaftsberechnung: Generieren Sie molekulare Deskriptoren und analysieren Sie Strukturen
- Analyse von Zuckerbestandteilen: Erkennen und Entfernen von Zuckerbestandteilen aus komplexen Strukturen
- System zurchemischen Filterung: Screening von Verbindungen mit PAINS, QED, Lipinski, Ghose, Veber und der Dreier-Regel
- Format Conversion Hub: Nahtlose Konvertierung zwischen SMILES, InChI, InChIKey, SELFIES und anderen Formaten
Verbesserte InChI-Integration
Ein herausragendes Merkmal dieser Version ist die umfassende InChI-Integration, ähnlich der InChI-Webdemo , die vom InChI Trust bereitgestellt wird, die Forschern wichtige Werkzeuge für die Aufrechterhaltung chemischer Identitätsstandards bietet:
- Interaktiver InChI-Konverter: Zeichnen Sie Strukturen und erzeugen Sie sofort entsprechende InChI-Strings
- RInChI-Unterstützung: Darstellung chemischer Reaktionen mit standardisierter RInChI-Notation
- Erweiterte Konfigurationsoptionen: Anpassung der InChI-Parameter für Stereochemie, Isotopeninformationen und mehr
Erweiterte Funktionen unter der Haube
Die zugrundeliegende Architektur bietet fortgeschrittene Chemoinformatik-Funktionen über eine verfeinerte Schnittstelle:
- Naturprodukt-Analyse: Berechnung der NP-likeness scores für Verbindungen
- Ähnlichkeitsmetriken: Vergleich von Strukturen mit mehreren Fingerprinting-Methoden
- HOSE-Code-Generierung: Generierung von HOSE-Codes für die Strukturanalyse
- Chemische Klassifikation: Integration mit ClassyFire für chemische Taxonomie
- Standardisierungs-Workflows: Strukturstandardisierung über die ChEMBL-Pipeline
- 3D-Konformerzeugung: Erstellen und Visualisieren von 3D-Molekularstrukturen
Verfügbarkeit und Ressourcen
Eine öffentliche Instanz der Cheminformatics Microservice API wird an der Friedrich-Schiller-Universität Jena in Deutschland gehostet, zugänglich unter api.naturalproducts.net. Die Webanwendung ist unter app.naturalproducts.net verfügbar. Der Quellcode ist auf GitHub verfügbar und unter der MIT-Lizenz veröffentlicht.
Für Entwickler bietet die umfassende Swagger-Dokumentation detaillierte Einblicke in die verfügbaren APIs. Für Benutzer, die die Plattform noch nicht kennen, bietet die Weboberfläche einen intuitiven Einstiegspunkt , um das gesamte Spektrum der Möglichkeiten zu erkunden.
Zitate
Wenn Sie Cheminformatics Microservice in Ihrer Forschung oder Ihren Anwendungen verwenden, zitieren Sie bitte:
Artikel:
- Chandrasekhar, V., Sharma, N., Schaub, J. et al. Cheminformatics Microservice: unifying access to open cheminformatics toolkits. J Cheminform 15, 98 (2023). https://doi.org/10.1186/s13321-023-00762-4
Software:
- Venkata, C., Sharma, N., Schaub, J., Steinbeck, C., & Rajan, K. (2023). cheminformatics-microservice (Version v3.1.0) [Computer software]. https://doi.org/10.5281/zenodo.13867839
